Dosarul generalului Lucian Pahonțu, legat de rolul său în Revoluția din 1989, nu a fost transmis Institutului Național de Studii pentru Securitate (CNSAS). Documentele se află în arhivele Jandarmeriei, care le-a preluat de la fostele Trupe de Securitate, au confirmat oficiali. Această situație împiedică ancheta să determine dacă Pahonțu a fost sau nu securist, chiar dacă a făcut demersuri legale.

Fostul președinte Traian Băsescu, care l-a numit pe Pahonțu la conducerea SPP, îl consideră un ofițer bun. El a sugerat că este timpul ca Pahonțu să se retragă, în urma dezvăluirilor din cadrul proiectului Recorder. Băsescu a subliniat că Pahonțu a reușit să transforme SPP într-o organizație reprezentativă.

În ciuda aprecierii lui Băsescu, ancheta privind implicarea lui Pahonțu în evenimentele din 1989 rămâne într-un impas. Lipsa documentelor din arhivele Jandarmeriei limitează posibilitățile de a clarifica situația. Pahonțu nu a fost niciodată acuzat oficial de nicio infracțiune.