Η αξιολόγηση των δημόσιων πανεπιστημίων στην Ελλάδα προκαλεί συζήτηση λόγω της έλλειψης επάρκειας στη χρηματοδότηση. Σύμφωνα με την έρευνα της Ελληνικής Ένωσης Πανεπιστημίων, το σύστημα αξιολόγησης δεν λειτουργεί αποτελεσματικά χωρίς την απαραίτητη χρηματοδότηση (efsyn.gr). Η ανεπάρκεια στην χρηματοδότηση επηρεάζει την ανταπόκριση των πανεπιστημίων στις απαιτήσεις της αξιολόγησης. Σύμφωνα με την ίδια πηγή, το πρόβλημα επιδεινώνεται από την ανεπάρκεια στην υλική υποδομή και την προσωπική δύναμη. Η αξιολόγηση πρέπει να συνδυαστεί με μια συντονισμένη πολιτική για την ενίσχυση των πανεπιστημίων.
